Как и Арпаузен, памятник впервые обследован в 1970-1971 гг. Каратауским отрядом Южно-Казахстанской археологической экспедиции под руководством М.К.Кадырбаева и А.Н.Марьяшева. Первооткрывателями были выделены три основных скопления петроглифов на склонах сопок вблизи устья ущелья Каракуыз – Койбагар I-III. Петроглифы выбиты на отдельных валунах, расположенных на склонах трех сопок с плоскими вершинами. В 2003-2004 гг. петроглифы Койбагар обследовались А.Е. Рогожинским (КазНИПИ ПМК) в рамках проекта ЮНЕСКО CARAD; зафиксированы географические координаты основных скоплений петроглифов, сделаны фотоснимки и копии более 130 камней с рисунками.
Наибольшая концентрация петроглифов наблюдается на южных и юго-западных склонах сопок. На плоских вершинах сопок и вдоль устья ущелья сохранились многочисленные курганные могильники древних и средневековых кочевников; в укрытых от ветров логах вдоль русла Каракуыс находятся десятки стоянок XVIII – начала XX в., и, возможно, более древних поселений.
Выделяются разновременные петроглифы, датирующиеся от эпохи бронзы до начала XX в. Древнейшие петроглифы отличаются большим разнообразием: в репертуаре чаще встречаются изображения быка и «очкообразных» знаков в виде двух окружностей, соединенных линией; среди гравюр поздней бронзы много сцен с боевыми колесницами и батальными сюжетами. К числу редких в наскальном искусстве относится сцена с колесницей, запрягаемой парой лошадей. Петроглифы эпохи бронзы численно преобладают над изображениями раннего железного века и средневековья. Последний всплеск активной изобразительной деятельности в Койбагаре связан с этапом позднего средневековья и нового времени XVII – начала XX в.